Cytoscape

几百个基因、上千条相互作用，塞进 Excel 只会变成一张看不懂的表。Cytoscape 把它们画成一张网络图：每个蛋白是一个节点，每条相互作用是一条边，数据一目了然。

最实用的是 视觉映射：把基因表达量直接映射成节点颜色，上调染红、下调染绿，哪一块网络在发生变化，扫一眼就能看出来，不用再对着数字表格逐行比对。

软件功能

网络可视化：导入分子相互作用网络和通路数据，自由缩放、平移，大网络还有鸟瞰图帮助定位。

属性数据整合：把注释、表达谱等数据挂到节点和边上，并驱动颜色、大小、形状等样式。

NetworkAnalyzer 分析：计算度分布、聚类系数等网络拓扑指标，找出关键节点。

丰富的插件生态：社区提供大量 App，覆盖生物信息、社交网络分析、语义网等方向。

开源免费：基于 Java，Windows、macOS、Linux 都能跑，科研和教学都可以免费使用。